C

题目考点分析：本题考查的是对急性肾盂肾炎常见致病菌的了解。急性肾盂肾炎是一种常见的泌尿系统感染，主要由细菌侵入肾脏引起，掌握其常见致病菌有助于临床诊断和治疗。

正确答案的理由：大肠杆菌是引起急性肾盂肾炎最常见的致病菌，约占所有病例的80%以上。它通常通过尿道进入膀胱，再上行至肾脏，引发感染。因此选项C是正确答案。

其他选项错误的原因：变形杆菌和副大肠杆菌虽然也可能引起尿路感染，但不如大肠杆菌常见；葡萄球菌多见于皮肤或软组织感染，较少引起肾盂肾炎；真菌一般在免疫力低下患者中才会导致感染，不是常见原因。因此，A、B、D、E选项均不符合题意。