二级建造师证书注册流程如下：

取得资格证书：首先通过二级建造师考试并获得资格证书。

受聘于单位：受聘于一家具备资质的企业。

准备材料：包括注册申请表、资格证书、学历证书、身份证明、聘用合同等。

提交申请：通过企业向当地建设行政主管部门提交注册申请。

审核：主管部门审核材料，确认符合条件后批准注册。

领取证书：审核通过后，领取注册证书和执业印章。

关于超过3年不注册是否作废，规定如下：

资格证书有效期：二级建造师资格证书长期有效，但需在取得后3年内完成初始注册。

逾期注册：若超过3年未注册，需符合继续教育要求后方可申请注册。

因此，超过3年不注册不会导致证书作废，但需完成继续教育才能注册。