肛裂的病因尚不清楚，可能与多种因素有关。长期便秘、粪便干结引起的排便时机械性创伤是大多数肛裂形成的直接原因。肛门外括约肌浅部在肛管后方形成的肛尾韧带伸缩性差、坚硬，此区域血供亦差；肛管与直肠成角相延续，排便时，肛管后壁承受压力最大，故后正中线处易受损伤。肛管内原有病变，如肛窦炎、肛乳头炎、直肠炎、结核等均可引发肛管溃疡，形成肛裂。近来研究认为肛门内括约肌压力在静息期增高与肛裂发生关系密切。

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