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证券公司自营业务的内部控制主要是应加强自营业务投资决策、资金、账户、清算、交易和保密等的管理。重点防范规模失控、决策失误、超越授权、变相自营、账外自营、操纵市场、内幕交易等的风险。其内容之一是证券公司应建立健全自营业务风险监控缺陷的纠正与处理机制，由风险监控部门根据自营业务风险监控的检查情况和评估结果，提出整改意见和纠正措施，并对落实情况进行跟踪检查。