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流行病学实验研究缺点：①整个实验设计和实施条件要求高、控制严、难度较大，在实际工作中有时难以做到。②研究费时间、费人力、花费高。③受干预措施适用范围的约束，所选择的研究对象代表性不够，以致会不同程度的影响实验结果推论到总体。④研究人群数量较大，实验计划实施要求严格，随访时间长，因此依从性不易做得很好，影响实验效应的评价。⑤由于长期的随访，导致因为死亡、退出、搬迁等造成的失访难以避免。⑥由于实验组接受某种干预措施或对照组不接受某种干预措施，存在一定程度患病的风险，因而有时要涉及医德问题。