(1)A(2)A

(1)A. 脑膜炎奈瑟菌：是流行性脑脊髓膜炎的病原体，形态为革兰阴性双球菌且呈肾形成对排列，与题干中脑脊液涂片所见细菌特征相符，符合题意。
B. 淋球菌：虽为革兰阴性双球菌，但主要引起泌尿生殖道化脓性感染，与题干中中枢神经系统感染表现及部位不符，排除。
C. 肠球菌：为革兰阳性球菌，与题干描述的革兰阴性双球菌性质不同，排除。
D. 卡他布兰汉菌：虽是革兰阴性球菌，但形态并非呈肾形成对排列，不符合题干细菌特征，排除。
E. 金黄色葡萄球菌：属于革兰阳性球菌，且引发感染类型与流行性脑脊髓膜炎不符，排除。
综合上述各选项分析，答案为 A 选项 “脑膜炎奈瑟菌”。(2)A. 巧克力血平板：含有适合脑膜炎奈瑟菌生长的 Ⅴ 因子、Ⅹ 因子等丰富营养成分，能提供其生长所需条件，是常用的培养该菌的培养基，符合要求。
B. 嗜盐菌选择培养基：用于培养嗜盐性细菌，脑膜炎奈瑟菌无嗜盐特性，不适用于培养它，排除。
C. 血琼脂培养基：虽含血液成分提供一定营养，但无法很好满足脑膜炎奈瑟菌的苛刻营养要求，不如巧克力血平板适宜，排除。
D.S-S 培养基：为肠道选择培养基，用于肠道病原菌培养，与脑膜炎奈瑟菌培养无关，排除。
E. 碱性蛋白胨水：主要用于霍乱弧菌等的增菌培养，不适合培养脑膜炎奈瑟菌，排除。
综合上述各选项分析，答案为 A 选项 “巧克力血平板”。